Магистранты изучают историю мировых религий и религиозной философии, историю и методологические проблемы отечественного и зарубежного религиоведения; герменевтику священных текстов религий мира, феномен религиозного опыта в различных религиозных традициях, светскую и религиозную этику. Программа магистратуры предполагает рассмотрение взаимоотношений религии и политики, государственно-конфессиональных отношений и их регулирование в современной России, а также основ правового регулирования деятельности этнических и религиозных общин.
Выпускники получают практические навыки проведения религиоведческой экспертизы текстов, методических материалов, деятельности религиозных групп и организаций., а изучение специфики межрелигиозных и этноконфессиональных процессов в социуме позволяет им разрабатывать и реализовывать различные адаптационные проекты регулирования общественных отношений на уровне муниципальных и региональных образований.