Студенты изучают всеобщую, отечественную и региональную историю на разных временных этапах. В частности, они имеют возможность выбирать дисциплины в трех предметных областях: история археологических исследований, мировая история и международные отношения, история России. Значительное внимание в программе уделяется локальной истории (например, истории и этнографии народов Сибири).

В программе подготовки представлен ряд специальных дисциплин: археология, архивоведение, источниковедение, палеография, документоведение и вспомогательные исторические дисциплины (бонистика, геральдика, нумизматика), а также предусмотрены модули междисциплинарного характера, такие как историческая география, экономическая история, этнология и социальная антропология, социальная история, информационно-коммуникационные технологии в исторических науках. Кроме этого, студентам предлагаются авторские курсы, такие как «Старообрядчество: традиционная культура в модернизирующемся мире», «Власть и реформы», «Женщины в истории России». «История русского дворянства», «Личность и социальные функции шамана», «Современная и традиционная культура монгольских народов Китая и Монголии», «Происхождение рода Homo», «Политические системы в государствах АТР» и др.

Бакалавры-историки изучают современные (английский) и древние (латинский) языки. У студентов направления «История» также имеется возможность пройти зарубежную стажировку в университетах-партнерах ИГУ в Японии, Польше, Франции и других странах.